En 1879 publica su tesis doctoral Estudio crítico-bibliográfico sobre Anacreonte y la colección anacreóntica y su influencia en la literatura antigua y

moderna. Fue discípulo de Milá y Fontanals y precisamente en 1885 se trasladará de Oviedo, donde había ganado la cátedra de Historia de la literatura, a Barcelona para suceder a Milá en la cátedra. Ese mismo año contrae matrimonio y tendrá cinco hijos, uno de ellos, Jorge Rubio y Balaguer continuará con los estudios de Historia Literaria.

Alguno de los temas que le apasionaron toda la vida fueron además de Cataluña, el mundo griego y también el latinoamericano. Entre su variadas obras podemos citar por ejemplo: Estudio crítico-bibliográfico sobre Anacreonte (1879); El sentimiento del honor en el teatro de Calderón (1882); La expedición y dominación de los catalanes en Oriente juzgadas por los griegos (1883); Los navarros en Grecia y el ducado catalán de Atenas (1885); Catalunya a Grecia: estudis historics i literaris (1906); La Grecia catalana desde 1370 a 1377 (1914), etc.

Caballero de la Orden del Salvador

En 1886 el Gobierno griego le concedió la condecoración de Caballero de la Orden del Salvador y en 1903 fue nombrado cónsul de Grecia, en 1893 cónsul del Ecuador y en 1895 de Colombia. Fue corresponsal de diversos periódicos americanos colaborando asiduamente en muchos de los periódicos latinoamericanos como La Defensa Católica, la Colombia Cristiana, La Nación, El Correo de las Aldeas, o El Mensajero del Sagrado Corazón de Jesús, todas ellas publicaciones muy conservadoras de Bogotá. Todas sus colaboraciones latinoamericanas fueron compiladas y publicadas en 1923.

Al mismo tiempo colaboraba en las principales publicaciones periódicas catalanas como La Renaixença, Lo Gai Saber, La Veu de Catalunya, o de carácter religioso como Boletín de la Juventud Católica de Barcelona, El Criterio Católico o La Veu del Montserrat i la Tradició Catalana.

Sus colaboraciones eran siempre literarias, algunas de tema histórico y otros de reivindicación de la lengua catalana. No se afilió nunca a ningún partido ni se involucró en la política. A partir de su elección como primer presidente del Centro de Excursionistas de Cataluña en 1891 su catalanismo fue un poco más intenso pero siempre moderado y conservador.

En 1907 presidió los Juegos Florales de Barcelona y es nombrado también presidente del Institut d’Estudis Catalans, incluso redactó el reglamento de dicha institución; colaboró activamente en la creación de la Biblioteca de Cataluña cuyo primer director será su hijo Jorge Rubio i Balaguer. En 1930 ingresó en la Real Academia Española.

Generación del 17 o Generación del Instituto,

Se le considera el padre de la escuela moderna de la historia de la literatura catalana, denominada generación del 17 o generación del Instituto, formada por sus discípulos entre los que podemos citar a su hijo Jorge, Valbuena Prat, Ramón d’Abadal, Francesc Martorell, Pere Bohigas o Josep Pla. En 1935 sus alumnos publicaron en su honor una miscelánea homenaje en 3 vols. que publicó la revista Estudis Universitaris Catalans.